1954年，为抢救濒临消亡的南京云锦，“云锦研究工作组”组建成立。
1957年，江苏省政府批准建立“南京云锦研究所”，这是中国唯一一家集研究、生产、展示、销售于一体的云锦专业机构。
1979年发展到15个加工点，97台织机，外加工人员达300余人，还研制恢复失传多年的传统品种妆花罗、妆花纱、妆花绸等。一九七十年代到二十一世纪初，南京云锦的科研人员经过努力，把濒临消亡的南京云锦织造工艺逐渐恢复，并搜集整理了云锦图案和画稿，培训艺徒，恢复了失传品种“双面锦”、“凹凸锦”、“妆花纱”等，复制了汉代的“素纱禅衣”、宋代“童子戏桃绫”、明代“妆花纱龙袍”等珍贵文物，并征集收藏了900多件云锦实物资料，为南京云锦的研究发展打下了良好的基础。
2001年，南京云锦正式申报人类口头和非物质遗产，名次排于古琴之后。
2004年，在南京市政府的支持下，成立了“南京云锦博物馆”。2003年到2005年，南京云锦研究所生产的“吉祥”牌南京云锦分别获南京市和江苏省名牌产品称号。
2005年10月，南京云锦“吉祥”牌商标被南京市评为著名商标。
2005年12月南京云锦研究所的“吉祥”牌南京云锦被质监总局作为首批向国际地理标志（GI）组织推荐的30个地理标志产品之一，成为中国首批获国际权威组织承认的国际地理标志产品。南京云锦研究所全部保留着历史上的妆花技术，曾成功地复制了明定陵出土的万历皇帝过肩龙妆花纱织成袍料。自1979年以来，该所复制龙袍及匹料已达100多件。
2006年1月，云锦研究所再次受北京定陵博物馆委托，对一件明万历皇帝龙袍进行复制。
2006年5月20日，南京云锦木机妆花手工织造技艺经国务院批准列入第一批国家级非物质文化遗产名录。国家级非物质文化遗产项目南京云锦木机妆花手工织造技艺代表性传承人有南京云锦研究所有限公司的朱枫、周双喜，以及江苏汉唐织锦科技的金文。省级传承人有师从云锦老艺人朱枫的邬悉尔。