雨花石的成分是以二氧化硅为主，其中红色成分为铁离子和亚铁离子。雨花石是石质为玛瑙、蛋白石、玉髓、石英等的卵石，见于河床、河流阶地的沉积物之中，其中最著名的是南京六合横梁镇（雨花石之乡）产出的雨花石。
雨花石又分为细石和粗石两类，细石以玛瑙为主，石质细腻，颜色艳丽，磨圆度高，晶莹可爱；粗石质地较粗，以石英或变质岩为主，价值较低。美丽的雨花石中常可呈现各种山水、人物、鸟兽、树木等景象，使人遐想联翩，思绪入石，非常漂亮。由于雨花石种类繁多，它的成因和化学成分极为复杂。以玛瑙砾石为例，它来源于原生玛瑙。一般认为，原生玛瑙是由岩浆的残余热液形成的。这种热液充填在火山岩如玄武岩、流纹岩的空隙中，因空隙的形状不同，或成玛瑙球，或成玛瑙脉。经过自然力的作用，原生玛瑙脱落而出，再经过山洪冲击，流水搬运，磨成卵石。这就是我们所见到的在砾石层中的雨花玛瑙石。
雨花石以其纹奇、色艳的自然美著称于世。它的圈状花纹是二氧化硅胶液围绕火山岩空隙、空腔，由内壁开始，从外向内多层次逐层沉淀而成。在其生长过程中，常常发生带色离子和化合物的周期扩散。原生玛瑙的主要化学成分是二氧化硅，其次是少量的氧化铁和微量的锰、铜、铝、镁等元素及化合物。它们本身具有不同的色素，如赤红者为铁，蓝者为铜，紫者为锰，黄色半透明为二氧化硅胶体石髓，翡翠色含绿色矿物等等；由于这些色素离子溶入二氧化硅热液中的种类和含量不同，因而呈现出浓淡、深浅变化万千的色彩，使雨花石极其艳丽秀美。
雨花石在地矿的存量本来就很有限，加上近十年的疯狂的非保护性开采，导致雨花石越来越少所以雨花石越来越贵了，物以稀为贵。
雨花石的来历，往往会听到这样的故事：南朝梁武帝时，有个叫云光的高僧在南京市石子岗（今雨花台）设坛讲经说法，感动上苍，为之雨花，落地后便幻成了五彩缤纷的雨花石，后人将讲经处便称之为雨花台。还有不少散见于史料中的诗文称：雨花石为女娲补天的遗石。如“珍重养清泉，有时天可补”。（孔尚任咏《六合石子》）